 7 398 entreprises de transformation et de distribution certifiées en 2008
Depuis 1995, l'observatoire national de l'agriculture biologique recense les entreprises de préparation et de distribution certifiées en agriculture biologique. La forte augmentation constatée depuis 2006 résulte essentiellement de l'évolution de la réglementation : depuis le 1er juillet 2005, l'obligation de certification a été étendue aux distributeurs de produits biologiques.
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Dans notre région, les premiers opérateurs de la transformation sont avant tout les producteurs biologiques, qui sont 46% à transformer leurs produits en Bourgogne.
Il s’agit surtout de la vinification, mais aussi des plantes médicinales, des fruits et du miel. Du fait de l’importance des viticulteurs, apiculteurs et producteurs de viande, on trouve surtout des producteurs-transformateurs en Côte d’Or et Saône et Loire.
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Plus de 200 producteurs et transformateurs bio Bourguignons se rassemblent, depuis 1981, sous cette marque. Elle est gérée par BIOBOURGOGNE Association, qui regroupe producteurs, transformateurs et consommateurs. 
Les producteurs bio de Bourgogne sont organisés en 4 groupements départementaux (GAB), fédérés régionalement en une Confédération des Groupements des Agrobiologistes de Bourgogne. 
Le SEDARB (Service d’Eco-Développement Agrobiologique et Rural de Bourgogne), est chargé d’apporter des conseils techniques aux producteurs et d’animer le développement de la bio.